Der rege Fähr- und Frachtverkehr auf der Ostsee hat für die Küstenstädte der neun Anrainerstaaten ein wichtige wirtschaftliche und auch kulturelle Bedeutung. Bis auf wenige Ausnahmen waren die Ostseehäfen Hansestädte mit reicher kulturhistorischer Vergangenheit, was sie zudem zu Zentren des europäischen Tourismus macht
Die wichtigsten Häfen an der deutschen Ostseeküste sind Lübeck/Travemünde, Kiel, Puttgarden, Wismar, Rostock und Saßnitz. Lübeck/Travemünde gilt nicht nur als der größte deutsche Ostseehafen, sondern ist zugleich auch der viertgrößte der Bundesrepublik Deutschlands. Seine günstige Lage in unmittelbarer Nähe zu den skandinavischen Ländern macht ihn zum größten Fährhafen Europas. Puttgarden, Ausgangpunkt der unter dem Namen Vogelfluglinie bekannten Fährverbindung nach Roedby Havn auf der dänischen Insel Lolland, hat sich in den letzten Jahren ebenfalls zu einem bedeutenden Hafen an der südlichen Ostseeküste entwickelt. Kiel hat für den Seeverkehr nach Schweden und Norwegen eine wichtige Bedeutung. Der zweitgrößte deutsche Ostseehafen ist Rostock, über dessen Universalhafen ein Großteil des deutschen Außenhandels mit Nord- und Osteuropa abgewickelt wird. Saßnitz auf der Insel Rügen ist ein wichtiger Ausgangspunkt für Fährverbindungen nach Schweden und in die baltischen Länder.
Der Hafen von Sankt Petersburg ist nicht nur der wichtigste Hafen Russlands, sondern zugleich auch der größte im Ostseeraum. Wie auch die benachbarten Häfen Tallinn, Riga und Klaipeda in den baltischen Ländern Estland, Lettland und Litauen sowie Gdansk (Danzig), Gdynia und Szczecin (Stettin) an der polnischen Ostseeküste spielt er eine wichtige Rolle für den Außenhandel mit den Ländern Westeuropas. Die ehemalige Zarenresidenz und die altehrwürdige Hansestadt Danzig (Gdansk), die größte polnische Hafenstadt, gehören zudem zu den schönsten Städten an der Ostsee.
Bedeutende Hafenstädte im nördlichen Ostseeraum sind die finnische Hauptstadt Helsinki und Stockholm. Für den Fähr- und Frachtverkehr mit Schweden sind allerdings die südlicher gelegenen Häfen Trelleborg und Malmö von weit größerer Bedeutung. Auf fast gleicher geographischen Höhe mit Malmö befindet sich der Hafen von Kopenhagen. Er und der Hafen von Aahus sind die beiden bedeutendsten maritimen Tore Dänemarks an der Ostsee.